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全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和，包含mRNA，small RNA，lncRNA，circRNA等编码和非编码RNA。通过构建lncRNA文库和小RNA文库测序，来实现4种RNA层面的分析，并结合4种RNA信息进行ceRNA联合分析，利用全转录组测序技术来探究潜在的调控网络机制已成为解释生物学现象的利器！
高通量测序揭示EMT期间lncRNA转录本全局改变
Deep sequencing reveals a global reprogramming of lncRNA transcriptome during EMT
1. EMT不同时间点差异表达分析及ncRNA鉴定
共鉴定出9,282个已知mRNA，4,961个已知lncRNA以及8,703个novel 基因，且在EMT过程中lncRNA表达水平变化显著高于mRNA，可能发挥更关键的调控作用。此外，共鉴定出512个novel lncRNA，2,208个circRNA，大量circRNA差异表达可能参与调控EMT。
2. lncRNA-mRNA关联分析，鉴定关键lncRNA
LncRNA-mRNA共表达网络显示3个lncRNA位于5个独立的网络节点之间，可能发挥重要的调控作用。为验证该假设，在MCF10A及SK-BR-3中应用RNAi技术沉默3个lncRNA，发现沉默掉RP6-65G23.5后上皮标记物显著下调，间充质标记物显著下调，MCF10A及SK-BR-3中细胞移植及入侵增加。结果表明，RP6-65G23.5可能在EMT过程中发挥关键调控作用。
Liao J Y, Wu J, Wang Y J, et al. Deep sequencing reveals a global reprogramming of lncRNA transcriptome during EMT[J]. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 2017.
Q 哪些物种可以做全转录组测序？
A 研究的物种是否具有染色体组装水平的参考基因组以及信息完整的注释文件；LncRNA方面需要考虑有无合适此物种的建库试剂盒即构建rRNA去除的试剂盒；小RNA方面该物种有无对应的miRBase数据库信息。
Q 降解的样品对做全转录组研究有何影响？
A 轻微降解的样品，如RIN值在8-10之间的样品可用于常规的全转录组研究；降解较严重的样品，如RIN值在6.5以下的样品，可能会直接导致建库失败，或者构建的文库质量差，如出现接头污染率异常，数据duplication比例高，整体测序结果会出现随机性差，基因定量不准等；因此不建议使用此类型的样品，对于RIN值在6.5-8之间的样品，可根据样品实际情况进行判定是启用。