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长链非编码RNA（long non-coding RNA）是一类长度大于200 bp，不编码蛋白的RNA，广泛存在于生物体内。采用rRNA去除链特异性的建库方法进行文库构建，利用高通量测序技术，一次性获得单碱基分辨率的lncRNA序列信息，依托强大的生物信息分析平台，鉴定已知lncRNA，并预测新的lncRNA及其靶标。
全基因组范围内鉴定水稻生殖发育相关的长链非编码RNA
Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice
1. 共获得3.89×108 条reads；经比对分析，得到2,224 条lncRNA，包括1,624 条lincRNA 和600 条lncNATs 。
2. 水稻的lncRNA 与拟南芥和动物细胞内的lncRNA 有着显着区别，表现出极高的组织特异性和发育阶段特异性，且很多lncRNA 跟水稻的生殖功能相关（图1）。
图1 高表达的lncRNA 与蛋白编码基因在17 个时期/ 组织特异表达
3. 构建了水稻相关lncRNA的插入突变库。通过比对突变体数据库，发现和lncRNA相关的突变体与表型的关联，分为两类，一类和生殖繁殖有关，如不育、异常的圆锥花序等；另一类与植株生长相关，如植株高度、发芽等。
4. 部分lncRNA 为内源性竞争RNA，可削弱细胞内miR160、 miR164 的功能，调节microRNA 靶基因的表达，从而发挥生殖调控作用（图2）。
图2 水稻lncRNA 的功能分析
5、通过将含有T-DNA 插入体的lncRNA 导入水稻，寻找到与花序的发育和生殖能力紧密相关的lncRNA。
Zhang Y C, Liao J Y, Li Z Y, et al. Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice[J]. Genome Biology, 2014, 15(12): 512.
| Q | 什么是长链非编码RNA？以及它们的作用？ |
| A | 哺乳动物基因组序列中约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA（non-coding RNA）是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200 nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面：第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其他RNA的调控作用。 |
| Q | rRNA的去除方法有哪些？ |
| A | 有些long non-coding RNA有polyA尾，有些没有，为了保证能够获得所有long non-coding RNA，就不能用oligodT标记磁珠进行富集，只能用Ribo-zero去除核糖体RNA。不同物种rRNA去除效果跟试剂盒中所使用探针的匹配程度有很大相关，如果去除效果不好，需要加大测序数据量达到相应的clean data。 |
| Q | long non-coding RNA为什么构建链特异性文库？ |
| A | 很多基因组区域具有正负链的转录本，反义转录是真核基因的一个特征，是一种重要的调控方式。使用ssRNA-Seq（Strand-Specific）能够保留RNA的方向性信息，可以确定转录本来自正链还是负链，以便更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息。 |