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技术简介


原核转录组测序基于二代高通量测序平台,通过构建链特异性文库,可研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在某个时期或者在某种环境条件下所有的序列信息。


优势



安诺原核生物转录组测序 优势


技术路线


安诺原核生物转录组测序 技术路线

产品参数


安诺原核生物转录组测序 产品参数

样本要求


安诺原核生物转录组测序 样本要求

SlyA 调控水稻基腐菌植物毒素的产生和毒力


SlyA regulates phytotoxin production and virulence in Dickeya zeae


SlyA 调控水稻基腐菌植物毒素的产生和毒力


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设计思路


SlyA 调控水稻基腐菌植物毒素的产生和毒力 设计思路


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研究结果

缺失突变体 EM53 中zeamines 产生受到抑制

突变发生在基因slyA 126 nt 的转座子处,该突变使植株充分降低zeamines 的产生。野生种slyA 的反式表达恢复了突变体EM53 中zeamines 的产生,表明了slyA 在调控zeamines 形成中的重要作用。

slyA 是一个全面的转录因子能调控大约25% 的细菌基因组

通过对slyA 缺失突变体和野生型菌株 EC1 进行的转录组测序,发现约1048 个基因发生差异表达,slyA 的缺失导致了653 个基因表达量下调, 395 个基因表达量上调。在18 个与zeamines 产生相关的基因中有14 个表达量发生显著下调表达。qPCR 分析验证了slyA 在转录调控一系列与细菌致病力相关的基因。

slyA 调控编码植物细胞壁降解酶基因的转录

slyA 对 D. zeae 生物膜的形成是必须的。在expI 突变体中,slyA 的反式表达恢复了其表型能动性和生物膜的形成,表明slyA 在酰基同型丝氨酸内酯AHL 介导的群体感应QS 通路下游。此外,slyA 的突变影响了D. zeae EC1 的细胞运动性以及显著降低了D. zeae 对水稻种子的致病性。

 slyA 调控细胞聚集性.jpg


图 slyA 调控细胞聚集性


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参考文献


Jia-nuan Zhou, Hai-Bao Zhang, et al. SlyA regulates phytotoxin production and virulence in Dickeya zeae EC1[J].Molecular Plant Pathology, 2015. doi: 10.1111/mpp.12376.


Q为什么只做原核有参转录组?


A由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子,无参考基因组的话转录本拼接难度较大,组装结果存在一定风险,不建议老师做无参考基因组的原核转录组。


Q原核转录组为什么要构建链特异性文库?


A

由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子,所以转录组数据分析比真核难度要高很多,我们公司在细菌基因组和转录组数据分析方面有丰富的项目经验。针对原核转录组,我们利用构建链特异性文库(NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina)能很好地区分来源于基因组正链和负链转录本,并进行TSSTTS预测。



Q动植物与微生物互作可以进行研究吗?


A对于动植物与微生物互作,至少需要一方有参考基因组。大多研究都是看动植物转录组变化的,研究微生物的相对较少。由于原核只做有参转录组,如果老师在互作实验中关注原核生物,且原核生物无参考基因组,做起来有一定风险,接这种项目要慎重。如果微生物有参,建议老师选择合适的时间点,若侵染时间不合适,测序数据中微生物的数据偏少,分析结果不可靠或者根本无法进行分析。同时测序数据量也要相应提高。



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