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循环肿瘤DNA (circulating tumor DNA, ctDNA )是一种来自肿瘤细胞的游离DNA,存在于血液、滑膜液和脑脊液等体液中。作为一种实时肿瘤生物标志物,在无创液态活检中,通过二代测序对ctDNA进行高通量测序,可以追踪患者肿瘤情况。



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ctDNA检测非小细胞肺癌患者肿瘤状况的敏感性分析


Anultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage 


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研究结果


该研究针对非小细胞肺癌,设计覆盖了非小细胞肺癌95%的突变位点的芯片,在II-IV期的肺癌患者的ctDNA 中突变检出率为100%,在I期患者中的突变检测率为50%,并且可以检测出低至0.02%的特异性肿瘤突变,结合药物治疗后,通过影响学检测残余肿瘤的大小ctDNA含量的关系,证明ctDNA的水平比影像学更早且更敏感的对肿瘤发展进行评估,因此CAPP-Seq的方法可以很好的用于非活检方法的肿瘤筛选和基因分析。

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图1 CAPP-Seq检测ctDNA的敏感特异性分析


红色的线代表ctDNA作为患者肿瘤状况指标,蓝色的线代表影像学参数作为患者肿瘤状况的指标。放疗,术后,化疗等肿瘤消除和增长情况如图所示,ctDNA可以准确反映肿瘤实时状况,甚至比传统影像学参数有更高的敏感度。

图2 影像学参数和ctDNA分别标记放疗、术后、化疗等肿瘤消除和增长情况.png

图2 影像学参数和ctDNA分别标记放疗、术后、化疗等肿瘤消除和增长情况


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参考文献


Newman, Aaron M., et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nature medicine 20.5 (2014): 548.

Q

cfDNA和ctDNA的区别?



A

正常细胞和肿瘤细胞都会破裂,细胞破裂之后,DNA就会被释放到体液当中,其中进入血液的这部分DNA,称为cfDNA (cell free DNA),cfDNA里来源于肿瘤细胞的那部分DNA就是ctDNA(circulating tumor DNA)。



QctDNA测序数据量是多少?


A

ctDNA测序现在用的是247基因个性化用药的Pannel;由于ctDNA丰度太低,一般推荐测序深度在20000X,测序数据量在4Gb raw data。



QctDNA的样本获取及运输条件?


A

样本类型:血浆

样本量:>5 ml

操作:使用抗凝管采集全血,两小时内分离血浆,存于2ml EP管中。短期保存,可放入-20℃/-80℃冰箱;长期保存,放入液氮。

运输条件:干冰运输(5公斤干冰/天)

样本类型:全血

样本量:>10ml

采样方式:Cell-free采血管(Streck管/Ardent管)

操作:采血后,缓慢颠倒10次以上充分混匀,防止白细胞破裂和血液凝结。存储温度为4℃,切勿冻存(-20℃/-80℃)。

运输条件:冰袋运输(冰袋在运输全程中必须处于0℃-4℃,并且冰袋必须为非冰冻状态);寄送周期控制在5天以内。




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