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目标区域亚硫酸盐测序是(Target-BS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,安诺基因最新采用罗氏NimbleGen公司的SeqCap Epi基因组DNA甲基化序列富集产品,并结合高通量测序,进行单碱基分辨率的样品甲基化分析。


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目标区域甲基化揭示急性白血病CBFB-MYH11低甲基化特征和PBX3甲基化差异


CBFB-MYH11 hypomethylation signature and PBX3 differential methylation revealed 

by targeted bisulfite sequencing in patients with acute myeloid leukemia


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设计思路


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研究结果


inv(16) AML患者的低甲基化特征

与健康个体比,inv(16) AML患者的182个目标区域中,甲基化水平较低的区域有125个,占69%。其中,inv(16) AML患者中MN1,SPARC,ST18和DHRS3基因的平均甲基化水平要比non-inv(16) AML M4患者、其他AML患者和健康个体的甲基化水平低。


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图1 甲基化水平分析

低甲基化基因的表达

对于在inv(16) AML患者中的甲基化水平较低的基因MN1,SPARC,ST18 和 DHRS3进行表达分析发现,non-inv(16) AML M4患者比,四个基因的表达均呈上调趋势;而与健康个体比只有ST18基因表达上调。


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图2 基因表达水平分析

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研究结论


本研究发现了新的参与白血病基因表达异常相关的DNA甲基化区域,另外研究结果表明目标区域甲基化对于揭示新的调控区域有潜在作用。


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参考文献


Hájková H, Fritz M H Y, Haškovec C, et al. CBFB-MYH11 hypomethylation signature and PBX3 differential methylation revealed by targeted bisulfite sequencing in patients with acute myeloid leukemia[J]. Journal of hematology & oncology, 2014, 7(1): 1.


QNimbleGen SeqCap Epi特点


ANimbleGen SeqCap Epi基因组甲基化序列富集产品可以实现在单碱基分辨率下进行基因组水平的甲基化分析。利用SeqCap Epi产品,先富集甲基化相关片段后测序,可以大大减少测序量。除目录化SeqCap Epi CpGiant产品富集人类全基因组范围CpG位点外,还提供定制型产品,用于任意物种、不同实验目的与样本规模的目标区域甲基化测序,满足各类甲基化研究需求。


QSeqCap Epi探针的优势?


A

探针的设计是目标区域捕获的关键。以SeqCap Epi CpGiant为例,其探针富集的区域超过550万个CpG位点,使用多大数百万个长的寡核苷酸探针,对两条链都可以进行捕获,并且可以区分甲基化位点和SNP位点。



QSeqCap Epi探针设计方法?


A设计目标区域完全甲基化的探针、目标区域完全未甲基化的探针、目标区域部分甲基化的探针。总数高达数百万个,利用NimbleGen卓越的制作工艺,使数百万个长的寡核苷酸探针集成在一起。

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