安诺云小工具|进阶版Venn图-Upset图全新上线
2022.03.30
进行集合可视化,我们在日常科研中经常用Venn图来展示。但是,当多个集合一起进行Venn图展示的时候就会看的眼花缭乱了。安诺云平台(www.annuoyun.com)已经顺利解封了UpSet图,我们可以免费,并在短时间内零代码助力多个集合数据可视化,接下来小编就以一篇文献为例带大家一起来看看UpSet图有多强大。



upset图用于数据集合的可视化,相较于Venn图而言,可以很好地展示多个集合之间的关系。2020年3月Scientific reports(IF= 4.379)杂志上发表了一篇文章关于研究microRNA的文章,题名为“MicroRNA hsa-mir-3923 serves as a diagnostic and prognostic biomarker for gastric carcinoma”。作者得到差异miRNA的靶基因预测结果后,针对其筛选出的差异miRNA,即hsa-mir-3923,通过upset图展示其在五个常见的miRNA数据库中预测到的潜在靶基因,如下图所示。

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图1 维恩图(A)和UpSet图(B)展示


注:图中左边的柱状图代表的hsa-mir-3923在miRNA数据库中预测到的潜在靶基因数目,右边的红点和连线代表指定数据库的集合,其数目为右上柱状图显示。


接下来进入我们正式的安诺云UpSet绘制流程:


一、分析文件准备


绘图的第一步是需要输入相关数据,当前常用的数据文件类型有两种,数据类型一,差异基因列表结果。假设有5组基因列表,我们可以把每组显著性差异表达基因提取处理,制成表格,对5组样本进行共有和特有基因的可视化展示。


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数据类型二,定量矩阵表格式。表头样本名称,第一列为基因,数值为表达量,非负数。参考示例格式如下。


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二、安诺云平台在线绘制upset图


1、数据载入


打开安诺云,找到upset图,选择输入文件类型,载入准备好的upset数据文件类型一,点击提交,开始免费绘制upset图。


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图2 upset图安诺云操作界面

2、报告下载


提交30分钟后,在我的任务中找到提交的任务单,进行数据报告下载。


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图3 报告下载界面


三、upset图解读


upset图主要由三部分构成:右上方的条图,左下方的条图和右下方的点阵图。

右上方的条图:表示不同组中共有基因的数量;

左下方的条图:展示不同分组及各组中包含的基因总数量;

右下方的点阵图:通过纵向的对应关系,可以清晰区分哪些组具有共有基因,哪些组具有特有基因。


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图4 upset图结果展示


以上就是安诺云UpSet的绘制流程啦,大家赶快练起来~点击下方“阅读原文”即可进入安诺云登录界面,登录成功后即可免费使用小工具。


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参考文献:

Yang X H, Zhang Z , Zhang L C, et al. MicroRNA hsa-mir-3923 serves as a diagnostic and prognostic biomarker for gastric carcinoma[J]. Scientific Reports, 2020, 8.