Nature高分文章集锦之人基因组的那些事(上)
2021.03.16

今年全国两会刚刚过去,“肿瘤筛查”成为一个高频词,有多名代表、委员呼吁肿瘤早筛需纳入医保范围,为何对肿瘤的关注度如此之高?全球最高影响因子期刊Ca-cancer J Clin (IF=292)在2018年的报告中显示,在中国因癌症死亡的人数排名第二,而今年已经跃居第一,癌症正威胁着国民健康,正因如此针对肿瘤的科学研究热度也逐年上升,小编盘点了一下2020年国际顶级学术期刊Nature在人基因组方面的重要研究成果,其中肿瘤相关研究居多。


01

全基因组泛癌分析

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文献:Pan-cancer analysis of whole genomes


发表时间:2020.02

简介:利用来自38种肿瘤类型的2,658个肿瘤全基因组数据,通过使用计算云进行国际数据共享以促进PCAWG基因组资源的生成,进一步评估了癌症基因组的一系列特征。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6


02

2,658例癌症全基因组非编码体细胞驱动因素分析

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文献:Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

发表时间:2020.02

简介:分析了2,658个肿瘤基因组中非编码区的驱动点突变和结构变异。对于点突变开发了一种统计上的策略,对于结构变异提出了两种发现驱动的新方法。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1965-x


03

人类癌症基因组的体细胞结构变异模

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文献:Patterns of somatic structural variation in human cancer genomes

发表时间:2020.02

简介:分析了2,658个肿瘤基因组的体细胞结构变异,开发了对体细胞结构变异进行分组、分类和描述的方法,共发现16种结构变化特征。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-019-1913-9


04

人类癌症的突变特征

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文献:The repertoire of mutational signatures in human cancer

发表时间:2020.02

简介:从4,645个全基因组和19,184个外显子序列获得的84,729,690个体细胞突变,以表征突变特征,进一步揭示突变特征与外源或内源性暴露的关联,以及与有缺陷的DNA维持过程的关联。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1943-3


05

2,658个癌症的进化史

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文献:The evolutionary history of 2,658 cancers

发表时间:2020.02

简介:对2,658个癌症的全基因组测序分析,重建了38种癌症的突变过程和驱动突变序列的克隆和进化,并强调了癌症早期发现的机会。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-019-1907-7


06

癌症中RNA改变的基因组学基础

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文献:Genomic basis for RNA alterations in cancer

发表时间:2020.02

简介:将几类RNA改变与生殖系和体细胞DNA变异相关联,并确定了可能的遗传机制。在基因组背景下,RNA的改变为鉴定与癌症相关的功能基因和机制提供了丰富的资源。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1970-0


07

亚洲人群前列腺癌的基因组和表观基因组图谱

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文献:A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations

发表时间:2020.03

简介:通过对2,554例前列腺肿瘤的系统比较,绘制了亚洲人群前列腺癌基因图谱,揭示了东西方人前列腺癌基因组图谱的巨大差异,发现了与前列腺癌预后及生存相关的新基因。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2135-x


08

正常人子宫内膜上皮的突变景观

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文献:The mutational landscape of normal human endometrial epithelium

发表时间:2020.04

简介:从28名19-81岁的女性中获得近300份子宫内膜腺体,对其进行全基因组测序分析,发现导致子宫内膜癌的肿瘤改变过程是在人生早期开始的。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2214-z


09

散发原发性免疫缺陷队列的全基因组测序

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文献:Whole-genome sequencing of a sporadic primary immunodeficiency cohort

发表时间:2020.05

简介:对1,318名个体进行全基因组测序,通过GWAS确定与PID相关的基因组位点,并找到了新的高渗透性单基因变异和常见变异共定位以及相互作用的证据。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2265-1


10

433,540名东亚人2型糖尿病基因座的鉴定

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文献:Identification of type 2 diabetes loci in 433,540 East Asian individuals

发表时间:2020.05

简介:对来自东亚的77,418名2型糖尿病(T2D)患者和356,122位健康对照进行GWAS,在183个位点中发现301个遗传相关信号,在T2D相关模型中发现了61个新易感位点。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2263-3


11

一个正选择FBN1错义突变降低了秘鲁人的身高

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文献:A positively selected FBN1 missense variant reduces height in Peruvian individuals

发表时间:2020.05

简介:对3,134个体进行全基因组关联分析,发现FBN1基因上存在一个和身高相关的错义突变—E1297G,这是迄今为止对身高影响最大的一个非致病性变异。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2302-0


12

复合致癌突变的形成背景和功能

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文献:Phase and context shape the function of composite oncogenic mutations

发表时间:2020.05

简介:对31,359例病人进行癌症基因检测分析,发现近四分之一的人类肿瘤中都包含一种癌症相关基因的复合突变,复合突变是由环境和等位基因特异选择性压力中引起的驱动突变,部分依赖于基因和突变功能。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2315-8


13

复合致癌突变的形成背景和功能

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文献:The mutational constraint spectrum quantified from variation in 141,456 humans

发表时间:2020.05

简介:对来自141,456个体中得到的125,748个全外显子组序列数据和15,708个全基因组序列数据中预测的功能缺失变异进行整合,揭示出影响这些人类蛋白编码基因突变的图谱。

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2308-7


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参考文献

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12. Gorelick A N, Sánchez-Rivera F J, Cai Y, et al. Phase and context shape the function of composite oncogenic mutations[J]. Nature, 2020, 582(7810):1-4.

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