与其他高通量测序技术类似，10x Genomics单细胞转录组测序数据的各项主要指标需要经过统计和质控，以便评价测序数据的整体质量。在众多的指标中，关于测序饱和度（sequencing saturation）流传着多种说法：“饱和度高于70%数据才够用”，“增加数据量就能增加饱和度”，“增加捕获细胞数必须增加测序数据量才能保证测序饱和度”……这些言之凿凿的说法，有时候却彼此矛盾，给10x Genomics技术的初学者带来了不少困扰。

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1. 什么是测序饱和度？

测序饱和度是反映当前测序量与文库复杂度相关性的指标，其大小主要取决于测序深度和文库复杂度。

测序饱和度受测序深度影响。一般来说，测序reads越多，被检测到的独特转录本就越多。如下图所示，被检测到的基因数会随着测序深度的增加而增加，但当测序深度达到一定程度，被检测到基因数量的增加程度逐渐变缓，直到不再随测序深度增加而增加即达到饱和。最终可检测到的基因数量取决于细胞类型。

测序饱和度还受文库复杂度的限制。通常来说，不同类型的细胞含有不同数量、不同类型的RNA，因此不同类型细胞建成的文库中也包含着不同数量、不同类型的转录本，即文库复杂度存在差异。复杂度高的文库中转录本的数量和类型更多，检测一个新转录本所需的额外reads数量也就更多，即增加饱和度需要测定的reads更多。

10x Genomics单细胞转录组文库测序深度与每细胞检测到基因中位数的关系图

注：原代细胞类型（如PBMC和小鼠胚胎神经元） 转录本类型少，相同reads数量下检测到的转录本类型少，且较少reads数量就能达到饱和；细胞系（如 hek293t 和3t3）转录本类型多，相同reads数量下测到的转录本类型多，很难达到饱和。

2. 测序饱和度是如何算出来的呢？

3. 测序饱和度多少才合适呢？

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