单细胞测序热搜新榜——空间转录组测序技术
2019.12.13

作为2019年的明星技术之一,10x Genomics单细胞测序凭借其高通量、低成本、易操作、稳定性高等优势一直保持着绝对的热度,目前利用该平台发表的文章已达500多篇。不难看出,在已发表的文章中,利用度较高的是单细胞转录组测序相关技术。科研工作者利用该技术进行细胞亚群鉴定及异质性相关分析,但仍无法将细胞内基因表达及其所在的空间位置信息结合起来。为解决这一瓶颈,10x Genomics平台重磅推出空间转录组测序技术,今天小编就带您一探究竟~

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图1 10x Genomics文章发表情况统计


技术优势

◆ 实现基因表达数据与空间定位信息的结合,解析多种类型组织切片样本中基因表达谱

◆ 无需组织解离,保留组织结构及细胞微环境,鉴定异质性组织中细胞类型,避免相关偏好性

◆ 可用于挖掘新的组织生物标记物

◆ 可与现行实验室组织分析方法轻松对接,一天内即可完成切片及文库制备流程


技术流程

10x Genomics空间转录组测序技术的工作流程主要分为以下两个环节:

1. 组织优化

由于不同物种、组织来源的样本所需的最佳透化时间不尽相同,在正式开展空间转录组测序实验前,需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域,每个区域均覆盖了荧光标记探针,可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA,随即可通过荧光成像结果判定最佳透化时间及组织优化条件。

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2 组织优化流程展示


2. 空间转录测序

确定组织优化条件后,即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。

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3 空间转录组测序流程展示

文库构建所需的空间基因表达芯片包含4个捕获区域,每个区域含有5000个spots,每个spot均含唯一的spatial barcode和上百万个核苷酸引物。对切片进行透化后,细胞释放的mRNA可与带有barcode的引物结合,后续合成cDNA并进行文库的构建。依据组织类型不同,每个barcode可对应1-10个细胞。

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4 空间基因表达芯片捕获区域细览


数据展示

利用10x Genomics官方分析流程及软件(Space Ranger & Loupe Browser),可将细胞分群信息及其空间定位相结合,深入探索不同空间定位下特定细胞亚群的生物学功能。

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图5 空间转录组测序数据展示


组织经验

为了方便用户更好进行实验准备,小编在此列出了目前官方测试物种及组织类型,具体信息见下表:

表1 官方测试物种及组织类型展示

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若您感兴趣的组织部位没有在此列表中,可持续关注安诺基因公众号及https://support.10xgenomics.com/docs/Spatial_GEX_tissues,10x 官网更新的最新信息,小编会及时分享。

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图6 安诺单细胞测序技术总览


作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商,目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。

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