10x Genomics单细胞ATAC-seq高分文章解析
2019.08.22

单细胞测序技术作为前沿技术之一,持续占据着各大期刊的版面,而ATAC-seq这一表观学研究领域的新宠,也在各顶级杂志维持相当的热度。10x Genomics平台在去年末推出单细胞ATAC测序策略,将单细胞测序和ATAC测序技术进行结合,完成了单细胞测序技术的进阶。目前,基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。


近日,美国斯坦福大学研究团队与10x Genomics的科学家合作,在Nature Biotechnology杂志发表了名为Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion的文章。研究利用10x Genomics单细胞ATAC-seq技术,绘制来自血液、基底细胞癌组织的200,000多个单细胞的染色质可及性图谱。


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图1 10x Genomics ATAC-seq实验原理


为评估技术稳定性,研究团队将人GM12878和小鼠A20 B细胞细胞核样本混在一起上机,发现整套体系能维持较低的多细胞率(1159个细胞的情况下约1.04%)。此外,在稀有亚群的检出上,也表现良好。
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图2 多细胞率分析结果展示
文章进一步对来源于16个健康人外周血及骨髓细胞的63,882个细胞核样本进行单细胞ATAC测序分析,基于染色质开放程度,鉴定出31个细胞亚群,并深入探索了免疫细胞谱系的调控轨迹。


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图3 基于单细胞ATAC-seq数据的聚类分析

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图4 基于单细胞ATAC-seq数据的拟时间分析
此外,研究团队还对在PD-1阻断免疫疗法前后采集的基底细胞癌患者的原发性肿瘤活检样本进行了检测,通过分析37,818个细胞的ATAC-seq数据,发现来源于不同患者的基质细胞、免疫细胞基本聚到一起,而肿瘤细胞的分群则表现出明显的异质性。


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图5 基于单细胞ATAC-seq数据的聚类分析
在PD-1阻断免疫疗法后,对治疗有反应的患者中呈现出两种T细胞亚群(TEx细胞和Tfh细胞)的扩张,且比例相当,暗示这两种细胞类型在PD-1阻断后,其分化过程可能处于一致的调控模式。


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图6 PD-1阻断免疫疗法响应亚群分析

由此可见,10x Genomics单细胞ATAC-seq无论从通量、稳定性、敏感度、样本适应性等各方面考量,都不失为研究单细胞染色质可及性的优秀方法。


安诺基因10x Genomics单细胞ATAC优势:
经验丰富——拥有丰富单细胞项目经验,合作单位100+;
服务专业——可提供上门细胞核抽提及上门分选服务;
保证周期——拥有45台10x Genomics官方推荐测序仪NextSeq™550 ,文库即建即测。
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图7 安诺单细胞测序技术总览

作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商,目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。


参考文献


[1] Satpathy Ansuman T, Granja Jeffrey M, Yost Kathryn E., et al. Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion[J]. Nat. Biotechnol., 2019, 37: 925-936.


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