转录组盘点 | 高分文章多看看,科研烦恼少一半
2020.12.17

弹指一挥间,我们已经来到了2020的尾巴,努力了一整年的小伙伴们都要开始总结今年的收获啦,小编也整理了今年安诺转录组的合作文章,下面跟大家分享几个经典的案例~


小鼠模型揭示长非编码RNA在下丘脑中抗衰老的机制 

Reducing hypothalamic stem cell senescence protects against aging-associated physiological decline

发表单位:中南大学湘雅医学院

发表期刊:Cell Metabolism(IF=22.415)

测序策略:小鼠lncRNA测序

图片

研究成果

下丘脑神经干细胞(htNSCs)的衰竭与机体衰老密切相关,该研究在htNSCs中发现存在一种名为Hnscr的长非编码RNA(lncRNA)在年轻小鼠htNSCs中高度表达,而随年龄增长表达量逐渐减少。并且发现Hnscr的耗竭可引起htNSCs衰老,且诱发小鼠出现衰老表型。

1608166718726385.jpg

1. TF2A处理可减少htNSC的衰老和衰老


解码序列分析:一种改进差异基因表达分析的实用方法 

Decode-seq:a practical approach to improve differential gene expression analysis

发表单位:中国科学院遗传学与发育生物学研究所

发表期刊:Genome Biology(IF=14.028

测序策略:青鳉(鱼)转录组

图片

研究成果

该研究描述了一种简单而有效的RNA-seq方法,使用分子条形码来实现同时对大量复制进行分析。利用这一方法,研究者在青鳉鱼中发现了有性二态表达的新基因和生殖细胞发育所必需的基因。

1608166747668905.jpg

图2. 青鳉性别测定的差异基因表达分析


肠道微生物群的改变有助于未破裂颅内动脉瘤的发展 

Alterations of gut microbiota contribute to the progression of unruptured intracranial aneurysms

发表单位:阜外医院

发表期刊:Nature communications(IF=12.121)

测序策略:小鼠全转录组测序、宏基因组测序

图片

研究成果

未破裂颅内动脉瘤(UIA)是一种危及生命的脑血管疾病。研究者对两组中国UIA患者和对照组、接受人粪便移植的小鼠进行了测序。发现粪便移植后,UIA患者的菌群足以诱导小鼠产生UIA,并且UIA相关的肠道微生物种类与循环牛磺酸的变化有关。其中Hungatella hathewayi菌群减少可导致血液中牛磺酸水平降低,这是未破裂颅内动脉瘤发病过程中的一个关键因素。

1608166774117542.jpg

图3. hathewayi可以预防颅内动脉瘤


在克罗恩病中,Mincle/Syk信号通过诱导巨噬细胞焦亡促进肠黏膜炎症 

Mincle/Syk signaling promotes intestinal mucosal inflammation through induction of macrophage pyroptosis in crohn's disease

发表单位:金陵医院

发表期刊:Journal of Crohn's& colitis(IF=8.658)

测序策略:小鼠转录组测序

图片

研究成果

巨噬细胞诱导的c型凝集素(Mincle)信号在脑、肝等不同器官中发挥促炎作用,但其在克罗恩病(Crohn’s Disease,CD)等肠道炎症中的作用尚不清楚。作者研究了小细胞信号转导在CD患者和实验性结肠炎中的表达特点。利用Mincle敲除小鼠,在实验结肠炎模型中探讨了Mincle信号转导在肠道中的功能作用。

1608166800141290.jpg

图4. 巨噬细胞的小细胞信号在急性结肠炎中起重要作用


油酸(OA)通过抑制小鼠中的FGF23表达来减弱Ang II诱导的心脏重塑

Oleic Acid attenuates Ang II(Angiotensin II)-induced cardiac remodeling by inhibiting FGF23(Fibroblast Growth Factor 23) expression in mice
发表单位:国家心血管疾病中心阜外医院
发表期刊:Hypertension(IF = 7.017)
测序策略:人和鼠转录组测序
图片

研究成果

高血压可导致各种靶器官受损,而轻度至中度高血压人群中左心室肥大(LVH)的发生率约为20%至50%。然而,高血压心脏重塑的病理机制仍然知之甚少。研究者在患有左心室肥大的高血压患者的外周血中观察到油酸(OA)水平显著降低,又通过小鼠实验表明OA通过抑制FGF23表达来预防Ang II诱导的心脏重塑的新作用。

1608166820780303.jpg

图5. 油酸(OA)在体内对Ang II(血管紧张素II)诱导的心脏重构有保护作用


家禽甲型疱疹病毒1号型代谢需求的全球性探索

Global exploration of the metabolic requirements of gallid alphaherpesvirus 1

发表单位:中国农业科学院哈尔滨兽医研究所

发表期刊:PLOS PATHOGENS(IF=6.218)

测序策略:鸡转录组测序+代谢组

图片

研究成果

家禽α疱疹病毒1型的代谢需求(ILTV)对于世界范围内的家禽业来说具有重要的经济意义,但在很大程度上仍不为人所知。使用ILTV敏感但不易感的细胞系DF-1和易感病毒的细胞系LMH为研究模型,本研究通过对ILTV感染细胞系的整体转录组分析和代谢组分析,并结合一系列功能验证,探讨了ILTV的代谢需求。

1608166853957269.jpg

6. 鸡细胞系转录组分析


图片

NtMYB12a通过靶向作用于烟草中脂氧合酶和SFAR基因,在蔗糖信号下游抑制脂肪酸积累

NtMYB12a acts downstream of sucrose to inhibit fatty acid accumulation by targeting lipoxygenase and SFAR genes in tobacco

发表单位:中国烟草基因研究中心郑州烟草研究所

发表期刊:Plant cell & environment(IF=6.362)

测序策略:烟草lncRNA测序

图片

研究成果

MYB12通过靶向作用于早期生物合成基因(EBGs)促进植物中黄酮醇的生物合成。这些EBGs的转录是由蔗糖信号诱导的。该研究从烟草中克隆了两个NtMYB12基因。NtMYB12a和NtMYB12b均参与调控烟草中类黄酮的生物合成。NtMYB12a还可以抑制烟草叶片和种子中脂肪酸(FA)的积累。

1608166886731958.jpg

图7. NtMYB12a在蔗糖处理下的表达模式


核因子YA8 通过激活MIR156s转录抑制拟南芥幼龄期到生殖期的转变

Arabidopsis NUCLEAR FACTOR Y A8 inhibits the juvenile-to-adult transition by activating transcription of MIR156s

发表单位:山东农业大学

发表期刊:Journal of Experimental Botany(IF=5.908)

测序策略:拟南芥转录组测序

图片

研究成果

在高等植物的生活史中,营养生长期到生殖生长期的变化是至关重要的。MIR156及其靶基因SPL是营养生长到生殖生长过渡中的主调控因子。本研究发现了拟南芥核因子YA8(NF-YA8直接与MIR156 家族多个基因启动子中的CCAAT顺式元件结合,从而激活其转录,抑制拟南芥幼龄期到生殖期的转变。

1608166911267712.jpg

图8. 拟南芥NF-YA8负调控植株生长和开花时间


微胱氨酸-亮氨酸精氨酸父系暴露的子代小鼠个体发育和肺相关病理改变的机制

The mechanisms in the altered ontogenetic development and lung-related pathology in microcystin-leucine arginine(MC-LR)-paternal-exposed offspring mice

发表单位:南京大学

发表期刊:Science of the Total Environment(IF=5.589)

测序策略:小鼠小RNA测序

图片

研究成果

父系罹患的疾病可能会遗传给他的后代,前人研究表明,微胱氨酸-亮氨酸精氨酸(MC-LR)可引起雄性小鼠睾丸结构损伤和精子质量下降,但父系暴露的范围和程度对后代健康和疾病的总体影响尚不清楚。本研究发现父系暴露于MC-LR环境下的子代小鼠表现出产仔数和体重减少,同时肺部异常情况增加。

1608166931726600.jpg

9. 睾丸Hsp90的敲除降低了精子中的piRNAs


图片

转录组测序分析研究控制小鼠老年性耳聋相关的LncRNA

RNA-seq analysis of potential lncRNAs for age-related hearing loss in a mouse model

发表单位:滨州医科大学

发表期刊:Aging-US(IF=5.515

测序策略:小鼠lncRNA测序

图片

研究成果

年龄相关的听力损失(AHL)是老年人群的重要健康问题。本研究通过RNA-seq分析了6周龄和1周龄C57BL16J小鼠耳蜗中的mRNA和LncRNA的差异表达情况。其中LncRNA NONMMUT010961.2的差异最为显著,表明LncRNA NONMMUT010961.2可能与AHL有关,为AHL治疗提供了新的思路。

1608166954448414.jpg

图10. lncRNA NONMMUT010961.2及其潜在靶mRNA的相关性研究


安诺基因在转录组测序方面拥有多样化的产品类型,涵盖了普通转录组测序产品、医学转录组测序产品、lncRNA测序产品、医学lncRNA测序产品、单细胞转录组测序产品、全转录组测序产品等,各类型产品均有丰富的项目经验及物种经验,拥有专业的实验团队、分析团队以及领先的二代、三代测序平台,为大家提供高质量的测序服务,满足广大科研工作者们的研究需求,一切只为助力科研。如果你对上述服务感兴趣的话,就请赶快联系我们的驻地销售吧~


参考文献:

[1] Xiaoyu Zhong, Yang Mi, Xiao Ye, et al. Reducing Hypothalamic Stem Cell Senescence Protects against Aging-Associated Physiological Decline[J]. Cell Metabolism, 2020.

[2] Yingshu Li,Hang Yang,Hujun Zhang, et al. Decode-seq: a practical approach to improve differential gene expression analysis[J]. Genome Biology, 2020.

[3] Hao Li , Haochen Xu , Youxiang Li, et al. Alterations of Gut Microbiota Contribute to the Progression of Unruptured Intracranial Aneurysms[J].Nature communications, 2020.

[4] Wenbin Gong , Tao Zheng , Guo Kun, et al. Mincle/Syk Signaling Promotes Intestinal Mucosal Inflammation Through Induction of Macrophage Pyroptosis in Crohn's Disease[J]. Journal of Crohn's& colitis, 2020.

[5] Tianlong Liu, Hongyan Wen, Hao Li, et al. Oleic Acid Attenuates Ang II (Angiotensin II)-Induced Cardiac Remodeling by Inhibiting FGF23 (Fibroblast Growth Factor 23) Expression in Mice[J]. Hypertension, 2020.

[6] Yangyang Qiao, Zhitao Wang, Zongxi Han, et al. Global exploration of the metabolic requirements of gallid alphaherpesvirus 1[J]. PLOS PATHOGENS, 2020.

[7] Zhong Wang, Ze Feng Li, Shan Shan Wang, et al. NtMYB12a acts downstream of sucrose to inhibit fatty acid accumulation by targeting lipoxygenase and SFAR genes in tobacco[J]. Plant cell & environment, 2020.

[8] Hang Zhao, Ke Lin, Lin Ma, et al. Arabidopsis NUCLEAR FACTOR Y A8 inhibits the juvenile-to-adult transition by activating transcription ofMIR156s[J]. Journal of Experimental Botany, 2020.

[9] Xiannan Meng, Ling Zhang, Jiwei Hou J, et al. The mechanisms in the altered ontogenetic development and lung-related pathology in microcystin-leucine arginine (MC-LR)-paternal-exposed offspring mice[J].Science of the Total Environment, 2020.

[10] Tong Zhao, Xiuzhen Liu, Zehua Sun, et al. RNA-seq analysis of potential lncRNAs for age-related hearing loss in a mouse model[J]. Aging-US, 2020.