快人一步!安诺Sequel II 2.0版试剂实测数据首发
2019.10.22

HiFi reads(High fidelity reads)是PacBio Sequel II采用CCS模式测序产生的兼顾长读长和高准确度的序列,其在全变异检测和基因组组装领域都有很大的应用价值。近期PacBio发布了最新的Sequel II System 2.0版试剂,升级了CCS测序模式下的聚合酶测序读长,更适合进行HiFi DNA的测序。悄悄告诉大家,安诺基因在试剂发布前已经提前进行了测试,下面就跟大家分享一下最新的2.0版试剂测试结果~

安诺基因使用2.0版试剂在Sequel II平台进行了15-20 kb HiFi DNA文库上机测试,测试结果表明与目前的1.0版试剂相比,酶读长翻倍,平均读长超过100 kb,这意味着相同的插入片段在测序时可以环绕的圈数更多,数据质量更高,同时也说明利用2.0版试剂构建更长片段的HiFi DNA文库已经成为现实。



Sequel II System下机数据产出统计表

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从上表的测试结果可以看出2.0版试剂读长翻倍但测序产出没有提升,主要是由于本次测试的2个SMRT Cell 上机P1 loading偏低,仅有30%,而根据1.0版试剂的运行经验,正常情况下P1 loading能够达到50%左右,相信随着多轮的测试摸索,P1 loading正常后,2.0版试剂的单张SMRT Cell产出可以进一步提升至400 Gb左右。
我们进一步利用官方软件对测试数据调取CCS分析,设置最小pass数为3,对比1.0版试剂,由于文库插入片段更长,CCS reads平均读长有显著提升。而从数据产量来看,尽管P1 loading较低,产出不高,但仍能获得约18 Gb的CCS reads,CCS得率与正常产出的1.0版本试剂相当。


Sequel II System 2.0版试剂CCS数据产出统计表

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本次升级小结


◆ 2.0版试剂CCS 测序模式下酶读长翻倍,平均酶读长超过100 kb;

◆ 通过优化上机有效loading率,未来单张SMRT Cell产出有望超过400 Gb;

◆ HiFi DNA 测序后续有望进一步提升插入片段长度而不影响CCS 得率;

 酶读长的显著提升,使后续在CLR测序模式下大片段混样测序成为可能。


本次分享就到这里,后续我们会不定期地发布最新的安诺实测数据与大家分享,期待与大家合作交流~


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