172期在线课堂|“一叶知秋”的模体分析,原来这样做!
2019.10.22

模体(motif)也被称为基序,通常是指核酸或蛋白质中一段序列固定的区域,是生物学研究中经常碰到的一类概念。研究蛋白质与基因组DNA相互作用时,我们关注的模体是结合位点中具有特色的DNA序列,不同的模体序列构成了适合各类蛋白结合的环境。在生信分析时,这些模体仿佛是沙滩上留下的浅浅足迹,引领研究者追踪“魂牵梦萦”的目标蛋白。

对于一些研究较少的转录因子,或者是新发现的异构体(isoform),判断其模体序列特征有利于研究者全面研究蛋白结合的偏好性,是尤为重要的工作。然而,面对潮峰堆叠的大数据之海,如何高效挖掘模体信息展开研究,是横亘在研究者面前的一道难关。

数据如海,生信为舟。凭借强大的生信工具,从ChIP-seq、ATAC-seq得到的高通量数据中挖掘关键模体信息,已经成为表观遗传研究中的常用手段。本周三的安诺基因在线交流,正是和大家一起探讨利用高通量测序数据进行模体检测的思路。欢迎有兴趣的老师加入在线交流群,与我们一起讨论,共同进步~

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高分挂名文章里,少不了模体分析[1-3]


本期交流


交流主题

表观研究中的模体分析

交流内容

  • 模体分析的背景和原理

  • 模体分析的方法

  • 模体分析操作攻略

分享内容可能有调整,获取更多干货请参与当日交流。

交流时间

2019年10月23日,15:00-16:00

交流平台
安诺基因生物信息交流QQ 1群(213357902)及2群(475638865)同步交流(1群已满,新加入的老师请加2群)。
交流形式
视频/语音实时交流

主持人

产品经理 朱腾飞

主讲人

安诺基因高级信息分析工程师

注:加群申请时请务必备注姓名及工作单位。

您可以在评论里留下您感兴趣的问题,我们将对问题进行整理,在线交流的过程中主讲人和具体相应信息分析负责人将进行详细解答。


参考文献:

[1] Li W, Yang L, He Q, et al. A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associated YAP Signaling[J]. Cell Stem Cell, 2019, 25(1): 54-68 e5.

[2] Malik V, Glaser L V, Zimmer D, et al. Pluripotency reprogramming by competent and incompetent POU factors uncovers temporal dependency for Oct4 and Sox2[J]. Nat Commun, 2019, 10(1): 3477.

[3] Li J, Huang K, Hu G, et al. An alternative CTCF isoform antagonizes canonical CTCF occupancy and changes chromatin architecture to promote apoptosis[J].Nat Commun, 2019, 10(1): 1535.

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