实(十)力(例)输出!安诺转录组文章10连发~
2019.09.26

继上期安诺转录组文章9连发以来,受到不少老师的欢迎,纷纷索要原文,近期我们又收到10篇合作文章,发文一时爽,一直发文一直爽,下面就跟大家分享一下!本期发表期刊涵盖Nature CommunicationsJournal of Allergy and Clinical Immunology,Theranostics等高水平学术期刊,总影响因子68.93平均影响因子高达6.893


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下面我们选取其中5篇文章进行介绍,来更深入地了解RNA-seq测序技术的应用。


文章一


The histone methyltransferase Setd2 is indispensable for V(D)J recombination

发表期刊:Nature Communications

合作单位:上海交通大学医学院

IF:11.878


文章简介


在哺乳动物中,T细胞和B细胞是负责机体免疫应答的两种淋巴细胞,它们通过多种TCR和免疫球蛋白识别不同抗原来产生适应性免疫反应,在T细胞和B细胞早期的增殖过程中,体细胞通过V,D,J基因片段重组来保证TCR和免疫球蛋白的多样性。然而,V(D)J重组的表观遗传调控仍不完全清楚。

本文中作者通过RNA-seq研究了Setd2(一种组蛋白甲基转移酶,催化组蛋白3上的36号赖氨酸三甲基化H3K36me3)缺陷型和对照组小鼠的转录模式差异,证明了Setd2的缺失会导致胸腺细胞在CD4−CD8−DN3阶段发育严重阻滞。H3K36me3通常在TCRβ基因座富集,Setd2的缺失会降低TCRβ的H3K36me3富集并抑制其 V(D)J重组。同样,Setd2的缺失会破坏免疫球蛋白重组,使得B细胞在pro-B期发育阻滞。此外,本文还发现Setd2在原发性免疫缺陷患者中常常发生突变。该研究表明Setd2在V(D)J重组和淋巴细胞发育中发挥重要作用。


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图1 在T细胞或B细胞发育早期,Setd2在V(D)J重组中的作用模型[1]


文章二


IL-37-Mex3B-TLR3 axis in epithelial cells in eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps

发表期刊:Journal of Allergy and Clinical Immunology

合作单位:华中科技大学附属同济医院

IF:14.11


文章简介


慢性鼻窦炎(CRS)是一种发生在鼻窦粘膜上的炎症疾病。在伴鼻息肉慢性鼻窦炎(CRSwNP)中,嗜酸性粒细胞炎症占据主导地位,该炎症引发嗜酸性粒细胞增多,很难治愈。人类白细胞介素IL-37是近年来新发现的一种免疫抑制细胞因子,可以通过调节免疫反应来抑制慢性鼻窦炎等炎症的发生和发展[2]

在本研究中,作者以慢性鼻窦炎患者及正常人的鼻腔组织为研究对象,通过RNA-seq技术比较其中相关基因的表达并探讨它们的相互作用,揭开了IL-37抑制炎症发生的分子机制。发现在慢性鼻窦炎患者鼻腔上皮细胞中,IL-37分泌减少可通过Mex3B激活TLR3信号,并促进胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)的产生,最终加剧炎症疾病的发生。因此IL-37可作为慢性鼻窦炎疾病诊疗的潜在靶向因子。


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图2 IL-37可下调鼻腔上皮细胞中Mex3B的表达[3]


文章三


Polypyrimidine tract binding protein 1 promotes lymphatic metastasis and proliferation of bladder cancer via alternative splicing of MEIS2 and PKM

发表期刊:Cancer Letters

合作单位:中山大学孙逸仙纪念医院

IF:6.508


文章简介


膀胱癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,每年新诊断出的膀胱癌患者约为429,800例,死亡约165,100例,淋巴结转移是膀胱癌致死的主要原因。剪接因子通过调节肿瘤致癌突变体促进癌症恶化,但对于剪接因子如何调控膀胱癌淋巴结转移尚不清楚。

在本研究中,作者发现多嘧啶束结合蛋白PTBP1的表达与膀胱癌淋巴结转移有关,与淋巴结转移状态、肿瘤阶段、组织学分级、患者预后不良正相关。体外实验证明PTBP1促进膀胱癌细胞迁移,侵袭和增殖;体内实验证明多嘧啶束结合蛋白PTBP1促进淋巴结转移和肿瘤生长。通过RNA-seq进一步研究发现PTBP1通过调节mRNA剪接上调MEIS2-L和PKM2变异来促进淋巴结转移和增殖。综上,PTBP1通过可变剪接机制促进膀胱癌淋巴结迁移和增殖,PTBP1可以作为新的预后标记物和膀胱癌淋巴结转移的诊疗新靶点。


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图3 PTBP1调节膀胱癌细胞增殖和淋巴结转移的机制模型[4]


文章四


Circulating miR-338 Cluster activities on osteoblast differentiation: Potential Diagnostic and Therapeutic Targets for Postmenopausal Osteoporosis

发表期刊:Theranostics

合作单位:武汉大学

IF:8.063


文章简介


小RNA是在血清中发现的最丰富的RNA,研究发现一些miRNAs与骨质疏松有关。然而这些相关miRNAs的诊断和治疗的发展仍然没有得到解决,主要是因为缺乏功能验证。

本研究中作者通过RNA-seq等技术鉴定了与绝经后骨质疏松症相关的循环miR-338,并在体内和体外进行了功能验证。实验结果观察到绝经后骨质疏松症患者miR-338簇明显富集。这种富集在卵巢切除的小鼠血清中同样显著,并且比Micro-CT显示的骨密度降低早得多。该研究同时证实了雌激素依赖性的Runx2/Sox4/miR-338正反馈环的存在,它调节成骨细胞分化,为临床发现提供了可能的解释。此外,miR-338簇的缺失或直接静脉注射miR-338簇抑制剂可显著预防卵巢切除后的骨质疏松症。本文揭示了循环miR-338簇成员是绝经后骨质疏松症的潜在诊断和治疗靶点。


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图4 分泌型miR-338簇的假想模型及其验证[5]


文章五


PuHSFA4a Enhances Tolerance To Excess Zinc by Regulating Reactive Oxygen Species Production and Root Development in Populus

发表期刊:Plant Physiology

合作单位:东北林业大学

IF:6.305


文章简介


在植物中,锌是一种必要的微量元素,但过多的锌元素对植物生长发育具有毒害作用。为了应对锌毒性,植物具有多种复杂的响应机制。许多研究发现在锌胁迫下大量基因发生差异表达,但是植物应对锌胁迫的转录调控机制尚不清楚。

本研究中作者通过RNA-seq发现热激转录因子PuHSFA4a在胡杨抵抗锌胁迫中发挥正向调节作用,发现锌胁迫可诱导PuHSFA4a基因的表达,PuHSFA4a协同调控抗氧化系统和根发育基因的表达,激活谷胱甘肽S-转移酶PuGSTU17和磷脂酶PuPLA2 的表达,从而赋予胡杨根对锌胁迫产生抗性。本文揭示了胡杨应对锌胁迫的转录调控机制。


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图5 基因PuHSFA4a调控抗锌胁迫机制模型[6]



国庆节就要到了,安诺基因用这10篇文章来预祝各位小伙伴新学期新成果,早日收获属于自己的好文章!



参考文献:

[1] Ji Z, Sheng Y, Miao J, et al. The histone methyltransferase Setd2 is indispensable for V(D)J recombination[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 3353.

[2] Quirk Shannon, Agrawal Devendra K. Immunobiology of IL-37: mechanism of action and clinical perspectives[J]. Expert Rev Clin Immunol, 2014, 10: 1703-9.

[3] Liu Jin-Xin, Liao Bo, Yu Qi-Hong, et al. The IL-37-Mex3B-Toll-like receptor 3 axis in epithelial cells in patients with eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps[J]. J. Allergy Clin. Immunol., 2019, 07.

[4] Xie Ruihui, Chen Xu, Chen Ziyue, et al. Polypyrimidine tract binding protein 1 promotes lymphatic metastasis and proliferation of bladder cancer via alternative splicing of MEIS2 and PKM[J]. Cancer Lett., 2019, 449: 31-44.

[5] Lin Chujiao, Yu Shuaitong, Jin Runze, et al. Circulating miR-338 Cluster activities on osteoblast differentiation: Potential Diagnostic and Therapeutic Targets for Postmenopausal Osteoporosis[J]. Theranostics, 2019, 9: 3780-3797.

[6] Zhang Haizhen, Yang Jingli, Li Wenlong, et al. PuHSFA4a Enhances Tolerance To Excess Zinc by Regulating Reactive Oxygen Species Production and Root Development in Populus[J]. Plant Physiol., 2019, 180: 2254-2271.

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