开讲啦!最新NC文章作者与您在线交流染色体水平基因组组装经典方案
2019.03.19

基因组组装和拼接质量是一切基因组后续分析的前提,随着测序技术和组装方法的发展,染色体水平参考基因组成为基因组文章发表的标配。以往研究中,为了获得染色体水平参考基因组,通过构建遗传图谱进行组装,但因作图群体构建困难、遗传标记数量有限、基因组质量要求高等限制染色体水平参考基因组的组装。


Hi-C技术所揭示的是染色质片段间的交互强度,依据染色体内交互高于染色体间交互,同一染色体上近程交互高于远程交互的规律进行聚类、排序和定向,从而将基因组草图挂载到染色体水平。与遗传图谱相比,Hi-C技术具有:无需构建作图群体,周期短实验规模小,经济实惠;结果准确,直观,并且受重复、杂合区域影响较少;不受遗传标记限制,具有更高的覆盖度和特异性,更适用于高杂合、超大基因组物种等明显的优势。


安诺基因作为国内Hi-C测序技术的服务提供商,不仅合作发表了国内首篇商业合作苦荞Hi-C辅助组装文章(点击链接获取更多信息),2018年还助力药用植物穿心莲基因组发表(点击链接获取更多信息),更在2019年开年与中国农大合作发表了糜子染色体水平参考基因组文章(点击链接获取更多信息),登顶Nature子刊。



图1 陇糜4号 Hi-C辅助组装后的pseudomolecules 结果展示

图1 陇糜4号 Hi-C辅助组装后的pseudomolecules 结果展示[1]

 

为帮助大家更好的理解Hi-C辅助组装研究,安诺基因生物信息在线交流将邀请参与糜子基因组文章发表的作者安诺基因生物信息主管占伟,在本周三开展 “最古老农作物的四倍体基因组破译”主题的在线分享,希望和大家一起探讨五谷最后破译的基因组——糜子、多倍体基因丢失的特殊现象、糜子的高质量染色体以及多倍体的染色体级别基因组的研究策略等内容。欢迎有兴趣的老师加入在线交流群,与我们一起讨论,共同进步~

  

—— ——本期交流—— ——

● 交流时间:2019年3月20日,15:00-16:00

● 交流主题:最古老农作物的四倍体基因组破译

● 交流内容:1)五谷最后破译的基因组——糜子;2)多倍体基因丢失的特殊现象;3)糜子的高质量染色体;4)多倍体的染色体级别基因组的研究策略

分享内容可能有调整,获取更多干货请参与当日交流。

● 交流平台:安诺基因生物信息交流QQ1群(213357902)及2群(475638865)同步交流,(1群已满,新加入的老师请加2群)

● 交流形式:视频/语音实时交流

● 主持人:动植物基因组de novo产品经理 

● 主讲人:生物信息主管


注:进群时请务必备注姓名及工作单位

 

您可以在评论里留下您感兴趣的问题,我们将对问题进行整理,在线交流的过程中主讲人和具体相应信息分析负责人将进行详细解答。

 

参考文献

[1] Shi J, Ma X, Zhang Y, etal. Chromosome conformation capture resolved near complete genome assembly of broomcorn millet[J]. 2019, 10(1):464, Nature Communications.


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