安诺生信讲堂:以“一”敌“万”,单细胞全转录组测序大揭秘
2018.08.22

随着测序技术的发展,研究者纷纷开始在单细胞层面挖掘更丰富的信息,解决了不少用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题。近期很火热的10x Genomics ChromiumTM平台可谓是自动化完成大规模单细胞研究的一项利器,但10x Genomics ChromiumTM基于3’端测序,整体基因检出率较传统方法还是有一定的下降,主打“广度”而失去了“深度”,仅适用于细胞图谱的描绘及细胞分群研究。如果想要深入探究单个细胞转录调控网络,您可能还需要小编今天介绍的另一项利器——单细胞全转录组测序


大家熟悉的单细胞转录组测序,包括10x Genomics ChromiumTM平台在内,都是基于polyA尾设计引物进行扩增,因此最后得到的只是polyA+线性RNA的信息。为突破这一瓶颈,安诺基因通过研发及优化,建立了新技术ANsuper-seq,推出了独门利器——单细胞全转录组测序


ANsuper-seq技术对于polyA+和polyA-模板RNA均能进行扩增,涵盖mRNA、lncRNA、circRNA,能够全面性地反映样本中除miRNA外各类型RNA的状况,尤其适用于存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。


图1 单细胞全转录组测序扩增原理[1]


在样本选取上,单细胞全转录组测序采用特有的裂解液,取样操作方面其实和传统单细胞转录组测序差别不大,只是通过ANsuper-seq扩增后,后续构建的文库中即包含了丰富的转录本信息,实现一个文库,三种分析。


图2 单细胞全转录组送样要求

图3 单细胞全转录组实验流程.jpg

图3 单细胞全转录组实验流程


大家知道组织层面的全转录组测序技术,涉及到去除rRNA的操作,而利用单细胞全转录组技术进行扩增建库,rRNA污染比例一般控制在2%以内,无需专门去除rRNA,也减少了样本的损耗。从比对结果看,单细胞全转录组技术同样表现优秀,实测数据mRNA/lncRNA比对率达92%,circRNA比对率更是高达99%


表1 安诺单细胞全转录组测序实测数据展示


基于如此高质量的数据基础,首先可以在mRNA层面进行基因表达水平及差异表达基因相关研究;运用新的扩增建库技术,能获得更全面的lncRNA的分析结果;此外,可以鉴定出circRNA并分析其来源基因,解析其调控机制。同时,这三项独立的分析也可以合在一起,一次性完成单细胞全转录组的全方位解析,较大程度地挖掘数据的价值,也从侧面解决了样本难获得的问题。


分析内容展示


那么,基于同一个文库,是怎么进行单细胞全转录组信息的挖掘呢?会用到哪些关键软件呢?快快参加安诺基因最近一期的生物信息在线交流吧,大神带您进行一场单细胞测序深入探索!


2018/08/22

周三 15:00-16:00

交流主题:单细胞全转录组测序分析流程概述

交流内容:单细胞全转录组测序技术原理;单细胞全转录组测序分析流程介绍;单细胞全转录组关键分析软件介绍。

交流时间:2018年8月22日(周三),15:00-16:00

交流平台:安诺基因生物信息交流1群(213357902)及2群(475638865)同步交流(1群已满,新加入的老师请加2群)

交流形式:视频/语音实时交流

主持人:单细胞产品经理 张玥

主讲人:高级信息分析工程师


注:进群时请务必备注姓名及工作单位。

您可以在评论里留下您感兴趣的问题,我们将对问题进行整理,在线交流的过程中主讲人将为您详细解答。


作为国内单细胞测序技术整体解决方案的领军者,目前安诺基因单细胞多组学研究具有较全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。


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参考文献:

[1]Fan X, Zhang X, Wu X, et al. Single-cell RNA-seq transcriptome analysis of linear and circular RNAs in mouse preimplantation embryos[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):148.




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