产品和服务

安诺基因

公司建立了包含PromethION、PacBio Sequel、NovaSeq 6000、HiSeq X等

新一代测序仪的高通量测序平台,并与Illumina联合开发了

新一代桌面测序仪NextSeq 550AR,可以对DNA、RNA等不

同分子类型的样本进行测序分析,具备检测大批量样本的能力。

新闻中心
项目文章|10x Genomics单细胞测序助力儿童结肠炎及炎症性肠病相关研究登顶Cell

2019年11月14日,北京大学白凡研究员团队与广州医科大学附属广州市妇女儿童医疗中心儿科研究所张玉霞研究员,国家临床重点专科儿科消化团队(杨敏、耿岚岚及龚四堂主任医师)合作在国际顶尖期刊Cell上发表了题为“Mucosal profiling of pediatric-onset colitis and IBD reveals common pathogenic and therapeutic pathways”的论文。研究利用单细胞测序技术解析了对照组、结肠炎和PIBD各亚型间结肠黏膜免疫及非免疫细胞的异质性,深入挖掘了儿童结肠炎及炎症性肠病的致病机制,同时证实抗血小板药物双嘧达莫可激活cAMP通路,恢复免疫稳态并缓解结肠炎症状,具有良好的临床治疗效果,为儿童结肠炎及炎症性肠病的防治提供了新的见解。在此项研究中,安诺优达有幸参与了部分样本的单细胞测序(10x Genomics单细胞转录组测序+10x Genomics V(D)J测序)工作。


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图1 文章研究概览



为阐述致病机制及研究药物靶点,研究团队对17名患儿(包括对照组、结肠炎和PIBD各亚型间)的结肠黏膜免疫细胞和非免疫细胞进行了单细胞转录组及TCR+BCR测序分析,得到65,367个免疫细胞和7,798个非免疫细胞的转录组数据,通过聚类分析获得9个细胞亚群,同时依据824例人群的GWAS数据发现了244个可能导致PIBD风险的基因。

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图2 结肠微环境样本来源及单细胞图谱分析


研究进一步分析了肠上皮细胞、结肠黏膜成纤维细胞和血管内皮细胞、髓系细胞、免疫细胞等的亚群分布及关键基因。发现肠上皮细胞共分为10个亚群,分布着不同的PIBD风险基因。比如CD及UC风险相关的ERN1基因,在干细胞、祖细胞、肠内分泌细胞中高表达,DVL1通过β-连环蛋白及WNT通路活化影响上皮细胞的再生,主要在干细胞及分泌祖细胞中表达。

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图3 上皮细胞异质性及关键基因分析


结肠黏膜成纤维细胞分为7个亚群,在UC样本中含有独有的炎症成纤维细胞亚群(表达IL1B、IL6)。此外,PIBD血管内皮细胞中,调控血管生成及白细胞溢出相关基因明显上调,表达PECAM1(CD31)的内皮细胞丰度也显著增加。

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图4 成纤维与内皮细胞异质性及关键基因分析


CD68+髓系细胞进一步分为10个亚群,整体在PIBD样本中丰度更高。其中,高表达IL1B及TNF-α的巨噬细胞,几乎只存在于PIBD中。在TNF+巨噬细胞中,PDE4B(降解胞内cAMP)的表达上调,胞内cAMP水平降低。研究团队通过体外实验证实临床应用PDE抑制剂双嘧达莫可提高胞内cAMP水平,显著抑制TNF-α,IL-1β和IL-6的表达。

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图5  髓系细胞异质性及关键基因分析


对免疫细胞相关数据进行分析,发现PIBD各亚型中,CD39在CD8+和Vδ1T细胞的表达显著降低。研究进一步证实PDE抑制剂可恢复CD39在T细胞中的表达,在用双嘧达莫处理三天后,CD8+ T细胞中CD39的表达明显上调。

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图6  免疫细胞异质性及关键基因分析


对结肠黏膜细胞进行深入分析描绘后,研究团队对急性肠炎小鼠模型进行了双嘧达莫治疗,发现用药可显著提高小鼠的体重、结肠长度,提升上皮结构完整性,抑制血小板聚集和TNF-α的表达。对9例患者(8例结肠炎和1例IBDU)开展双嘧达莫的小样本临床试验,发现患者各项临床指标均有明显改善。用药后,cAMP浓度升高,CD39的表达上调,血小板聚集减少,临床症状得到缓解。

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图7 双嘧达莫可缓解结肠炎的临床症状


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 安诺单细胞测序技术总览


作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商,目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。


参考文献

Huang, B., Chen, Z., Geng, L., et al. Mucosal profiling of pediatric-onset colitis and IBD reveals common pathogenic and therapeutic pathways[J]. Cell, 179(5):1160–1176.

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年中喜报第四弹|安诺Hi-C助力RNA结合蛋白研究登顶Cell

2019年6月27日,武汉大学肖锐课题组与美国加州大学圣地亚哥分校(UCSD)付向东教授课题组在Cell以长文形式在线发表题为“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription”的最新研究成果。其中,安诺基因承担了该研究中的Hi-C测序部分,助力RNA结合蛋白功能基因组学研究登上顶级期刊。


文章概览


基因调控过程中,大部分RNA是以RNA-蛋白复合物(RBPs)的模式在转录后的剪接加工、修饰转运和降解等RNA代谢过程中发挥重要的调控功能,但其在转录水平的调控功能和机制尚未有系统的研究。



本研究发现在鉴定的63个RNA结合蛋白中,大约60%的RBPs与染色质有广泛的相互作用,且富集在基因启动子和增强子区域。同时还重点阐释了RNA结合蛋白RBM25通过调控转录因子YY1与染色质的结合,进而调控染色质结构和转录激活与抑制的分子机制,全面展示了特异性的RBPs介导的转录因子YY1的功能调控作用。
材料选择

HepG2细胞、K562细胞

研究结果

01 RBPs通常定位于活跃的染色质区域


为研究RBPs在染色质水平上的潜在功能,研究者通过大规模的RBPs ChIP-seq测序,发现大约60%的RBPs与染色质有特异性相互作用,并富集在开放的染色质区域,这些位点集中在基因启动子和增强子区域,且整体上RBPs与染色质的相互作用与活性组蛋白修饰呈正相关(如H3K27ac),而与抑制性组蛋白修饰呈负相关(如H3K9me3)。


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图1 染色质相关RBPs的一般特征[1](上、下)


02 RBPs对基因启动子普遍偏好


所有与染色质相互作用的RBPs显示出对基因启动子的普遍偏好,整体上RBPs富集在bivalent(二价的)和仅H3K4me3标记的启动子,同时也富集于含有CpG岛的启动子区域。除此之外,四个RBPs(即RBM22,PRPF4,HNRNPUL1和SNRNP70)显示出small RNA基因启动子的特异性富集。在转录起始位点附近的高分辨率RBPs ChIP-seq信号显示,RBPs多结合转录起始位点下游区域,表明多数RBPs可能以RNA依赖性方式与染色质相互作用。


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图2 不同启动子的RBPs-染色质相互作用模式[1](上、下)


03 多种RBPs可直接参与转录调控


在HepG2中通过比较每个RBPs敲低前后稳定状态下基因表达的变化,可以得出RBPs调节大量的基因表达;同时GRO-seq结果显示,大多数RBPs调控靶基因转录活性,其中六个RBPs显示出显著的调控作用,这些数据足以表明RBPs在染色质水平直接参与了转录控制。


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图3 RBPs-启动子相互作用和基因表达之间的相关性[1](上、下)


04 RBM25调节YY1介导的远距离基因组相互作用


YY1是增强子-启动子特异性相互作用的粘合因子,这种基因组相互作用不同于CTCF介导的基因间区域的相互作用。作者在发现RBM25与YY1形成功能复合物以外,进一步利用BL-Hi-C技术探索RBM25对基因组中启动子锚定的相互作用及远距离调控作用,发现RBM25敲低促使YY1与染色质相互作用减弱,并特异性地调控YY1介导的增强子-启动子相互作用,从而调控基因表达。


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图4 人类基因组中RBM25依赖性YY1结合[1](上、下)


文章结论


尽管多个RBPs与转录控制有关,但目前尚不清楚RBPs如何直接作用于染色质,本文章通过ChIP-seq及三维基因组学技术BL-Hi-C发现RBPs与染色质相互作用的特征,并进一步通过分析揭示了TF和RBPs在染色质上广泛的共定位,例如YY1和RBM25。总的来说,该研究认为TF、RBPs、RNA和靶DNA片段之间的功能性相互作用可以协调形成特定区域,得以在细胞核中建立基因激活或抑制机制,这可能是特定基因网络和核子域的形成的基础,也将为后续RBPs与染色质相互作用的深入挖掘提供思路。

 

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务提供商,自2015年初,首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1 kb水平,同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在Nature、Cell、Genome Biology、Nature communications等国际高水平期刊,累计IF 157.59,平均IF 14.32。




参考文献


[1] Rui Xiao, Jia-Yu Chen, Zhengyu Liang, et al. Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription [J].Cell. 2019.

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安诺优达再添2台PacBio Sequel II, 着力打造亚洲一流的三代测序中心

继引进2台PacBio Sequel II测序平台,成为全球首批PacBio Sequel II测序服务运营商后,安诺优达再添2台PacBio Sequel II测序平台,满足不断增长的三代测序服务市场,加码国际领先基因组中心的建设。此举将进一步增强安诺优达在全球范围的大规模三代测序服务能力,提升服务周期和品质,给合作伙伴带来更优质的服务体验,进一步为生命科学多个领域的基础研究发展和成果转化提供核心工具。


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安诺优达CEO李志民表示:三代测序技术凭借其独特的技术特点和优势,在基础研究和临床应用等领域正展现出巨大的应用潜力,安诺优达将和PacBio公司继续保持深度战略合作关系,致力于打造专属于中国人群特有的二代+三代基因组数据库和重要农业种质资源基因库,共同推动三代测序在医学基础研究、临床转化研究和农业分子育种等领域的深度应用。


Pacific Biosciences首席执行官Michael Hunkapiller博士评论说:我们很高兴安诺优达选择扩大其对SMRT测序技术的投资,将其长读序列能力提高到每天超过Tb级别。 安诺优达作为服务提供商已经建立了良好的声誉,他们已经通过我们的新Sequel II系统取得了巨大的成功。 我们渴望看到他们接下来会取得什么成就。

关于安诺优达



依托于多年的行业积累,安诺优达已具备大规模的研发及服务能力,建立了三代测序实验服务体系和成熟的生物信息分析体系,与国内外数千家科研机构建立了合作关系,发表多篇合作项目文章;产品服务类型涵盖三代基因组组装、人重测序、动植物重测序、全长转录组测序等;日前,安诺优达宣布启动了ATCG(Annoroad Typical Chinese Genomes Database)数据库二期计划,旨在建立“二代+三代”中国人群基因组数据库,助力挖掘中国人群特有的可靠变异,进一步推动三代测序在中国人群健康研究中的应用


关于Pacific Biosciences


Pacific Biosciences of California,Inc。(纳斯达克股票代码:PACB)提供测序系统,帮助科学家解决遗传复杂问题。基于其新颖的单分子实时(SMRT®)技术,Pacific Biosciences的产品能够从头基因组装配完成基因组,以便更全面地识别,注释和破译基因组结构;进行全长转录本分析,以改善参考基因组中的注释,表征重要基因家族中的剪接异构体,并找到新的基因;应用于靶向测序以更全面地表征遗传变异以及直接检测表观基因组表征的实时动力学信息。Pacific Biosciences的技术提供高精度,超长读取,均匀覆盖以及同时检测表观遗传变化的能力。PacBio®测序系统(包括耗材和软件)为SMRT测序提供了简单、快速的端到端工作流程。更多信息,请访问www.pacb.com。

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喜讯|安诺优达又有三项新技术新产品获认证!

根据《北京市新技术新产品(服务)认定管理办法》的规定,经专家评审及认定小组审核,第九批“北京市新技术新产品(服务)”名单公示期正式结束,安诺优达基因科技(北京)有限公司又有三项新技术新产品成功入选,分别是胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(可逆末端终止测序法)、人全基因组重测序、全外显子组测序遗传病检测服务。截至目前,安诺优达已有二十项新技术新产品获得权威机构认定。


“新技术新产品(服务)”的评选是由北京市科学技术委员会、北京市发展和改革委员会、北京市经济和信息化委员会、北京市住房和城乡建设委员会、北京市质量技术监督局、中关村科技园区管理委员会六家单位共同审查、评估、认定,旨在推动新技术新产品(服务)的推广应用,改善民生,提升全社会自主创新能力。


新技术新产品服务证书

新技术新产品服务证书


安诺优达注重研发创新,截至目前,已获批二十项新技术新产品,内容涵盖医学和科研两大领域,包括无创产前DNA检测、染色体异常检测、胚胎植入前遗传学筛查、乳腺癌BRCA1/2基因检测、遗传性肿瘤基因检测、单基因病检测、单细胞基因组测序、动植物简化基因组测序、CHIP-DNA测序、LncRNA测序、小RNA测序、转录组测序、表达谱测序、Bisulfite甲基化测序、个体化治疗基因检测、动物群体Hi-C测序、单细胞转录组测序、动植物de novo测序、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(可逆末端终止测序法)、人全基因组重测序、全外显子组测序遗传病检测服务。这些技术的成功入选,体现了安诺优达雄厚的技术研发实力,也彰显了公司用科技和创新提升生命品质的核心发展理念。


从2012年成立至今,安诺优达先后获得国家发改委首批基因检测技术应用示范中心、国家高新技术企业、北京生物医药产业跨越发展工程(G20工程)企业、中国最具投资价值企业、中国最具科技引领力企业等资质荣誉,并拥有博士后科研工作站。这一系列资质荣誉的获得充分体现了安诺优达在技术创新、科技研发方面的整体实力。未来安诺优达将一直秉承“用科技和创新提升生命品质”的理念,努力建设成医疗和大健康领域的卓越企业。


邀您关注近期会议


2019年5月17日安诺优达生命科学研究院联合上海交通大学共同举办“表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会”。会议以“单细胞和三维基因组学技术”为探讨对象,拟邀多位院士、专家、科研工作者分享两大技术在相关研究领域的最新前沿动态、研究成果。期待您的参与~


表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会

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